Состояние материально-технической базы и содержание зданий гимназии соответствует целям и задачам образовательного учреждения, санитарным нормам, антитеррористической, электро- и пожарной безопасности.

В АНОО "Иоаннобогословская гимназия" всего 16 кабинетов, включая кабинет технологии, информатики, спортивный (гимнастический) зал, актовый зал, библиотеку. Все кабинеты оборудованы персональными компьютерами, комплектом телевизор+ПК, имеется доступ к сети Интернет по технологии Ethernet и Wi-Fi. На территории гимназии расположена оборудованная спортивная площадка.